Covid2019ekolojiEvrimHaberÖzel HaberlerSağlıkSöyleşiler

Koronavirüs Türkiye’ye nereden ne zaman geldi?

Koronavirüsün hangi ülkelerden Türkiye'ye geldiğini ve Türkiye'de hangi illerden dağıldığını gösteren görsel. Bu görsel sadece 30 genom içeriyor. Çalışma sonucunda Singapur, Çin, Suudi Arabistan, Kanada, Amerika, İngiltere, İspanya, Hollanda, Belçika ve Avustralya’dan virüslerin Türkiye’ye girdiği gösterildi. Türkiye içinde ise Ankara'dan (çoğunlukla) ve Sakarya'dan dağıldı görülüyor.

Koronavirüs Türkiye’ye nereden geldi? Koronavirüs Türkiye’ye tek bir kaynaktan mı girdi yoksa çeşitli ülkelerden çeşitli zamanlarda mı girdi? Bu soruların cevaplarını hasta olan çeşitli kişilerdeki virüslerin genomları dizilenerek bulmak mümkün. Dünya’da pek çok araştırma grubu virüsün nasıl yayıldığını bu şekilde takip ediyor. Türkiye’de bu çalışmayı yapan grup ise Ogün Adebali ve ekibi.

Ogün AdebaliOgün Adebali’yle koronavirüsün nereden geldiğini, ne zaman geldiğini, genel olarak virüs genom çalışmalarını konuştuk.

Türkiye’deki virüsler nereden ne zaman geldi?

Ogün Adebali ve ekibi geçtiğimiz ay Türkiye’deki SARS-CoV-2 genomlarını inceledikleri ve Türkiye’deki virüslerin nerelerden geldiğini açıkladıkları çalışmayı Turkish Journal of Biology’de yayınladılar. Bu çalışmada Dünya’nın çeşitli yerlerinden 15, 277 genom ve Türkiye’den de 30 genom kullandılar.

SARS-CoV-2 ve genom verileri 

Bilimma: Türkiye’den kullandığınız 30 genom örneğini kendi laboratuvarınızda mı dizilediniz yoksa diğer laboratuvarlarla birlikte mi çalıştınız? Bu genomlar başka araştırmacıların erişimine açık mı?

Ogün A: 30 genom dizisi Türkiye’de 3 farkli araştırma kurumunda ortaya çıkarıldı. Tüm dünyada virüs dizileri GISAID adı verilen bir veritabanında toplanıyor. Türkiye’de dizilenen genomlar da o veri tabanına yüklendi. Biz o veri tabanından dizilere erişerek analizimizi gerçekleştirdik. Bu genomlar tüm dünyada herkesin erişimine açıktır. Hesaplamalı biyoloji laboratuvarıyız, ıslak deneyler yapmıyoruz. 

Bilimma: Sars-CoV-2’nin ilk genomunun internette paylaşılmasından bu güne geçen sürede virüsle ilgili veri akışını nasıl değerlendiriyorsunuz? Sizce bu veri akışı pandeminin gidişatına etki etmiş midir?

Ogün A: Veri akışını tüm dünyada ciddiyetle takip ediyoruz. Pandeminin gidişatını genom verileri elbette etkileyecektir. Aşı ve ilaç çalışmaları, genom dizisi olmadan etkin yapılması pek mümkün gözükmüyor. Şu ana kadar karar vericilerin genom verileri üzerinden sağlıklı yorum yapıp pandemiyi olumlu yönlendirdiğini düşünmüyorum. Ama ilaç ve aşı çalışmalarına genom bilgisi büyük deger katmaktadir.

Sınır tanımaz SARS-CoV-2

Bilimma: Çalışma sonucunda Singapur, Çin, Suudi Arabistan, Kanada, Amerika, İngiltere, İspanya, Hollanda, Belçika ve Avustralya’dan virüslerin Türkiye’ye girdiğini gösterdiniz. Diğer ülkelerde de virüslerin giriş kaynakları bu kadar çok mu?

Ogün A: Diğer ülkeler de kapılarını kapatmakta oldukça geç kaldılar. Dolayısıyla evet, özellikle ABD ve Avrupa’da virüslerin çoklu kaynaktan geldiğini söyleyebiliriz.

Koronavirüsün hangi ülkelerden Türkiye'ye geldiğini ve Türkiye'de hangi illerden dağıldığını gösteren görsel. Bu görsel sadece 30 genom içeriyor. Çalışma sonucunda Singapur, Çin, Suudi Arabistan, Kanada, Amerika, İngiltere, İspanya, Hollanda, Belçika ve Avustralya’dan virüslerin Türkiye’ye girdiği gösterildi. Türkiye içinde ise Ankara'dan (çoğunlukla) ve Sakarya'dan dağıldı görülüyor.

Virüsün Türkiye’ye girişi yaptığı ülkeler ve yurt içinde hangi illerden dağıldığını gösteren diagram. Bu görseldeki bilgiler sadece dizilenmiş 30 genoma dayanıyor. Kaynak: Adebali, O., Bircan, A., Circi, D., Islek, B., Kilinc, Z., Selcuk, B., & Turhan, B. (2020). Phylogenetic Analysis of SARS-CoV-2 Genomes in Turkey. Turk J Biol (2020) 44: 146-156, http://journals.tubitak.gov.tr/biology/issues/biy-20-44-si-1/biy-44-si-1-3-2005-35.pdf

Bilimma: Türkiye’den veriler arttıkça bu ülkelerden başka kaynaklardan gelen virüsler bulunacağını düşünüyor musunuz?

Ogün A: Evet, düşünüyorum. Sadece 30 genomdan elde ettiğimiz çoklu giriş bilgisi dizilenen genom sayısı arttıkça netlik kazanacaktır. Gördüğümüz girişler doğrudur ancak veri eksiliği sebebiyle göremediğimiz ilişkiler elbette mevcuttur.

Bilimma: Virüs Türkiye içinde en çok Ankara’dan dağılmış olarak görünüyor. Ancak çalışmanız içinde illerin sınırlarının açıldığı 1 Haziran’dan sonra elde edilmiş veri bulunmuyor. İlerleyen süreçte bu dağılımın değişeceğini düşünüyor musunuz?

Ogün A: Bunu öngörmek pek zor değil. Şehirlerarası ulaşımın serbest hale gelmesiyle virus ağı daha çok karmaşıklaşacaktır. İller arasındaki geçişkenlik artacaktır.

SARS-CoV-2 mutasyonları

Bilimma: Türkiye’deki örnekleri S/L tipine göre ayırdığınız çalışmada, 29 genomun L tipine dahil olduğunu gösterdiniz. 1 örnekte ise daha sıradışı bir bulgu elde ettiniz. Bu örnek karakteristik olarak S tipi virüse benzemekte. Ancak aynı zamanda L tipi virüsün sahip olduğu değişime de sahip. Bu sıradışı durum virüsün ülkeye giriş zamanı hakkında bize nasıl bilgi veriyor?

Ogün A: S tipinden L tipine olan geçişin zamanını tahmin edebiliyoruz. Bu iki yolla mümkün oluyor, birincisi elde edilen L tiplerinin tarihini biliyoruz. İkincisi evrimsel yöntemlerle mutasyon hızını göz önüne aldığımızda bu değişimi bağımsız olarak tahmin de edebiliyoruz. Bu değişimler bizi Ocak ayına kadar geri götürüyor. Türkiye’de elde edilen bir versiyonun ara tip olması bu geçiş sürecinde var olan bir tipin Türkiye’ye geldiğini işaret ediyor. Türkiye’ye girişin en geç Ocak veya Şubat ayının ilk yarısında olduğunu tahmin ediyoruz.

Türkiye'de S ve L tipi arasında geçiş formu olarak tespit edilen virüs örneğinin filogenetik konumu. Bu virüs Tam olarak L tipi virüs değil S ve L tipi virüs arasında bir konumda. EPI_ISL_428718 ( Örnek bilgileri, makaleden, 3/19/20 Kocaeli Ministry of Health Turkey Bayrakdar et al.)

Türkiye’de S ve L tipi arasında geçiş formu olarak tespit edilen virüs örneğinin filogenetik konumu. EPI_ISL_428718 (Örnek bilgileri, makaleden, 3/19/20, Kocaeli, Ministry of Health Turkey Bayrakdar et al.)
Kaynak: Adebali, O., Bircan, A., Circi, D., Islek, B., Kilinc, Z., Selcuk, B., & Turhan, B. (2020). Phylogenetic Analysis of SARS-CoV-2 Genomes in Turkey. Turk J Biol (2020) 44: 146-156, http://journals.tubitak.gov.tr/biology/issues/biy-20-44-si-1/biy-44-si-1-3-2005-35.pdf

Bilimma: S tipi virüs olan ama aynı zamanda L tipi özelliklerine de sahip olan virüs örnekleri başka ülkelerde de var mı? Global olarak bu her iki karakteristiğe de sahip virüsün dağılımına dair ne diyebiliriz?

Ogün A: Evet başka ülkelerde de var, özellikle Çin’de. Ancak bu ara tipin fazla yayılmadığını söyleyebiliriz. 

Bilimma: Hem S tipi hem de L tipi özelliklere sahip olan genomun, Türkiye’deki ilk rapor edilen vakadan bir hafta sonra tespit edildiğini belirtmişsiniz. Türkiye’ye virüsün ilk girişinin de Çin’den olduğunu ayrıca belirtmişsiniz. Bu iki genom aynı genom mu yoksa farklı genomlar mı?

Ogün A: Aynı genomlar

Bilimma: Türkiye’den dizilenmiş örneklerde amino asit değişimlerine, yani virüs örneklerinde protein değişimine sebep olan mutasyonlara, baktınız. D614G mutasyonunun virüsün daha hızlı yayılmasına sebep olabileceği gündemde.

Çalışma döneminizde incelediğiniz Türkiye’deki örneklerin %77’sinde D614G mutasyonuna rastladınız. Global olarak incelediğiniz örneklerin ise %63’ünde D614G değişimine rastladınız. Türkiye’deki genomları zaman içinde değerlendirecek olursak, D614G değişiminin Türkiye’ye virüsün girişine ve dağılımına yönelik bir bulguya erişmemiz mümkün olabilir mi?

Ogün A: %77 ile %63 her ne kadar birbirlerinden farklı iki oran olsa da, 30 genom ile istatistiki olarak anlamlı bir değerlendirme yapmamız pek mümkün gözükmüyor. Elimizde daha fazla veri olsaydı bu konuda net bir yorum yapabilirdik. Eğer bu oran farkı doğruysa, Türkiye’deki dağılımın daha geç ve daha yayılımcı virüs tipi (D614G) ile yönlendirildiği söylenebilir.

Türkiye’de SARS-CoV-2 genomları

Bilimma:  Salgının seyrini izlemek için virüs genom çalışmaları büyük bir önem taşıyor. Global olarak baktığımızda virüsün bildirilmeye başlandığı ülkelerde hızlıca genomlar dizilenip bu diziler uluslararası olarak paylaşılmaya başlandı. Şu anda çeşitli ülkelerden binlerce virüs genom verisi internette araştırmacılar için erişilebilir olarak yer alıyor.

Yayında belirttiğiniz gibi kısıtlı sayıda genomla analizlerinizi sürdürdünüz. Hatta İzmir’den hiç örnek olmadığının altını çizdiniz. Daha fazla örneğin genomunu analiz etmek neden önemli?

Ogün A: En önemlisi çeşitliliği anlamak. Ne kadar çok dizileme yaparsanız virüsün çeşitliğini ve evrimini daha iyi anlarsınız. Ayrıca istatistiki değerlendirme yapabilmek için sayının artması çok önemli. Bir diğer konu da virüsün takibini yapabilmek; bu kadar az genomla bulgularınız bir yere kadar doğruluk payı içerir. Daha net bir tablo çizebilmek icin genom dizisi sayısını artırmak çok önemli.

Bilimma:  Türkiye’de yürütülen dizileme çalışmaları yeterli mi?

Hayır. En azından tüm insanlık ile paylaşılan genom dizisi sayısı nüfüs ve milli gelire oranla, Türkiye’de görece çok geride.

Bilimma:  Türkiye’de dizileme çalışması yürütebilecek özel sektörde ya da kamuda yeterli laboratuvar altyapısı var mı? Üniversitelerin araştırma departmanlarında daha fazla virüs dizisi çalışması yürütülebilir mi?

Bu konuda Türkiye en iyi altyapı olanaklarına sahip olmasa da daha fazla genom dizisi üretecek alt yapıya kesinlikle sahiptir. Burada TUBITAK, TUSEB gibi karar vericilerin genom dizileme ve paylaşılmasını teşvik edecek çeşitli programlar sunması yararlı olacaktır.

Koronavirüs mutasyona uğrayıp yok olacak mı?

Bilimma: Özellikle altını çizmek istediğiniz noktalar var mı? Neler eklemek istersiniz?

Ogün A: Bunu alan dışından okuyucular için söylemek istiyorum: virüsün mutasyona uğraması doğal bir süreçtir. Mutasyon demek coğu zaman nötr bir etki demektir. Bazı mutasyonlar bu virüsün bulasıcılığını artırabilir. Bulaşcılığın artması öldürücülüğünün artması anlamına gelmez, tam tersine öldürülücüğü düşük olan mutasyonların daha çok bulaşıcı olduğu söylenebilir. Influenza buna en iyi örneklerdendir. 

Son olarak pandemi sürecinde virüs mutasyona ugrayip birden kaybolmaz. Bu beklentiye girmek doğru değildir. Beklenebilecek en iyimser doğal senaryo virüsün mutasyon geçirip bulaşıcılığını artırırken, öldürücülüğünün bir şekilde azalması olacaktır. Aksi takdirde virüsün insanlar arasındaki bulaşıcılığını kaybetmesi bağışıklığa bağlıdır. Bu da aşı veya teoride kitle bağışıklığı ile mümkündür.

Röportajda ele alınan çalışma: 

Adebali, O., Bircan, A., Circi, D., Islek, B., Kilinc, Z., Selcuk, B., & Turhan, B. (2020). Phylogenetic Analysis of SARS-CoV-2 Genomes in Turkey. Turk J Biol (2020) 44: 146-156
http://journals.tubitak.gov.tr/biology/issues/biy-20-44-si-1/biy-44-si-1-3-2005-35.pdf

Yazar Hakkında

Hacettepe Biyoloji Bölümünden 2011 yılında mezun olduktan sonra ODTÜ’de Antik DNA çalışmaları ile lisans üstü eğitimini sürdürmüştür. Lisans eğitiminde ve daha sonrasında ekoloji ve popülasyon ile ilgilenmiş olup, vektör ekolojisi üzerine çalışmaları ve yayınları bulunmaktadır. ODTÜ’de lisans üstü çalışmalarına devam ederken biyoteknoloji girişimciliğine adım atmış olup, Türkiye’de inovatif biyoteknoloji ekosisteminin gelişmesi için çalışmalarına devam etmektedir. Bildiklerini ve öğrendiklerini paylaşmaktan büyük mutluluk duyan Elçin, doğrulanabilir Türkçe bilimsel yayın kaynaklarının az olmasından rahatsız olmuş ve ortağı Emre ile birlikte Bilimma'yı kurmuştur. Ekim 2016'dan itibaren bilimsel haber ve bilgilerin sorgulanabilir kaynaklarla insanlara ulaşması için yazılar yazmaktadır. Fotoğraf çekmek, arazi çalışmalarına katılmak ve gezmek başlıca ilgi alanları olup, ERES Biyoteknoloji'de projelerini sürdürmektedir.
Alakalı İçerikler
BilimCovid2019Haber

Coronavirüs sivrisinekten bulaşır mı?

Covid2019Haber

Koronavirüs vakası 2 milyona yaklaştı

Covid2019HaberKöşe Yazıları

Çin’de Neler Oldu? ÇKP, Wenliang, Chen Quishi ve Çalışmayan testler

AkademiBilim İnsanlarıCovid2019HaberÖzel HaberlerSağlık

Prof. Dr. Derya Unutmaz Kimdir?

Bilim dünyasının son haberlerini kaçırmamak için eposta bültenimize hemen üye olun.

Bir cevap yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir